Từ thời các vị Tổ khai sơn về núi hành đạo thì chùa đã hình thành, ngày ấy chùa được xem là chùa Trung của Linh Sơn Tiên Thạch Tự, là nơi du khách dừng chân khi đến chiêm bái chùa Hang, chùa Bà. Hiện nay, chùa được trùng tu với diện mạo khang trang,  Linh Sơn Thánh Mẫu (mặt trắng) được đặt tại điện thờ chính, ở vị trí cao nhất.

Đây là ngôi chùa cổ nhất trong hệ thống các chùa tại núi Bà Đen, được hình thành từ thế kỷ 18 và toạ lạc tại lưng chừng núi ở độ cao 250m. Ở sân chùa Bà có tôn trí tượng Bồ tát Quán Thế Âm. Bên cạnh chùa là Điện Bà Linh Sơn Thánh Mẫu với kiến trúc một mái đá tự nhiên nhô ra tạo thành động. Chính điện thờ Linh Sơn Thánh mẫu mặc áo đỏ, mặt đen.

Được khôi phục lại từ một ngôi chùa cũ nơi Hòa thượng Thích Giác Điền từng tu tập trong những năm giữa thế kỷ 20, chùa Linh Sơn Hòa Đồng nằm biệt lập ở một góc núi Bà Đen và có diện tích chỉ khoảng 200m2. Du khách sẽ có dịp chiêm bái tượng Phật Thích Ca Mâu Ni nhập Niết Bàn trên đường đến Chùa Hoà Đồng.

Năm 1864, thầy Huệ Mạng Kim Thiền cùng một nhà sư họ Chăm chọn một hang đá cách thung lũng suối Vàng khoảng 200m để tu tập và xây dựng nơi này thành Linh Sơn Long Châu tự. Chùa Hang gắn liền với huyền thoại “Ông đá nứt” ngay trước suối Vàng. Tương truyền trước kia, đường đến Chùa Hang rất gian nan vì có tảng đá lớn chặn, muốn đến Chùa phải đi vòng qua đường suối vô cùng khó khăn. Sư tổ Tánh Thiền đã tụng kinh cầu nguyện suốt 100 ngày thì “Ông Đá nứt đôi ra, và hai bên đá dang ra chừa một lối đi bề ngang 1,5 mét” để dẫn lối vào chùa Hang. Dấu tích ấy hiện vẫn còn, là lối đi giữa hai khối đá lớn.

Chùa ở ngay Động Ba Cô, nằm phía trên và cách chùa Hang khoảng 150m. Chùa Quan Âm có chánh điện trang nghiêm, thờ Linh Sơn Thánh Mẫu mặt đen đội mũ phụng, áo bào, ngồi trong tư thế kiết già thiền định trên toà sen. Sau bức tượng là bài vị có nội dung “Nam mô Linh Sơn Thánh Mẫu Bồ Tát”.